Второе поколение доступного фуллфрейма от Canon, «прокачанного» в сравнении с предшественником во многих аспектах. В сердце зеркалки установлена обновлённая 26-мегапиксельная матрица с диапазоном светочувствительности от 100 до 40000 единиц ISO (расширяется программно до 50-102400). Камере «подвезли» фирменную систему автофокусировки Dual Pixel AF, которая помогает плавно переводить фокус при видеосъёмке (в максимальном разрешении 1920х1080 пикселей) и шустро наводится на резкость при «стрельбе» фотоснимков в Live View. Для визирования при этом служит 3-дюймовый сенсорный экран — впервые среди полнокадровых зеркалок бренда имеющий степень свободы по нескольким осям. Набор беспроводных коммуникаций на борту Canon EOS 6D Mark II body представлен чипом NFC, а также модулями Bluetooth, Wi-Fi и GPS. Приставка «body» в имени фотокамеры даёт понять о том, что модель продаётся в виде «голой тушки», т.е. без комплектного объектива.