Растение низкорослое, стелящееся. Ветви покрыты чешуйчатой хвоей с игловидными листочками. Крона можжевельника казацкого компактная, напоминающая воронку. В диаметре крона сорта Вариегата достигает 1,5 м, а в высоту около 1 м.
Окраска казацкого можжевельника Вариегата в основном зеленая, но имеются побеги кремового оттенка. Ветки дугообразные, густые. Можжевельник Вариегата светолюбив, поэтому лучше растет на открытых участках, к грунту неприхотлив, устойчив к засухе и понижению температуры. При подходящих условиях на одном месте растет больше трех десятилетий.